Markus ist Facharzt für Chirurgie mit den Schwerpunkten Viszeralchirurgie und Gefäßchirurgie; bis April 2004 war er leitender Oberarzt der Chirurgischen Universitätsklinik in München Großhadern und ist seit Mai 2004 Direktor der Klinik für Viszeral-, Gefäß- und Transplantationschirurgie, Kliniken der Stadt Köln, Krankenhaus Köln-Merheim; Er ist ausserdem Lehrstuhlinhaber an der Universität Witten/Herdecke. Seine Schwerpunkte sind experimentelle und klinische Chirurgische Onkologie (Tumorimmunologie), sowie MIC (Minimal invasive Chirurgie) und Transplantationschirurgie.